离子交换树脂在长期使用中易受悬浮物质、胶体物质、有机物、细菌、藻类和铁、锰等的污染，使离子交换能力降低甚至失去。因此，需根据情况对树脂进行不定期的活化处理。活化方法可根据污染情况和条件而定。一般阳树脂在软化中易受Fe³⁺污染，可用盐酸浸泡后逐步稀释。阴树脂易受有机物污染，可用10%NaCl+（2-5）%NaOH混合溶液浸泡或淋洗，必要时可用1%双氧水溶液浸泡数分钟，也可采用酸碱交替处理法、漂白处理法、酒精处理法和各种灭菌法进行处理。